Minquartia guianensis y Hyeronima alchorneoides son dos especies de árboles maderables del bosque tropical húmedo de Costa Rica. Poco se sabe sobre la diversidad genética de estas especies. Utilizando 20 imprimadores de ADN polimórfico amplificado al azar (RAPD), estimamos los niveles de diversidad y varianza dentro y entre tres áreas de la Estación Biológica La Selva para cada especie. La diversidad genética se calculó mediante estimadores clásicos y bayesianos, y los resultados fueron similares. Estos indicaron una alta varianza dentro de los parches (78% para M. guianensis y 87% para H. alchorneoides). Además, estimamos la distancia genética, y los dendogramas indicaron una falta de diferenciación entre los parches para ambas especies. Nuestros resultados son consistentes con estudios sobre la diversidad genética en otras especies de árboles tropicales.