Evaluation of three chroroplastic markers for barcoding and for phylogenetic reconstruction purposes in native plants of Costa Rica

Resumen

Se ha propuesto el empleo de un código de barras de ADN como una herramienta práctica y estandarizada para la identificación de especies. Sin embargo, la determinación de los marcadores moleculares apropiados se constituye en todo un reto. En este estudio se ha extraído el ADN de 27 especies de plantas que pertenecen a 27 familias distintas, nativas de Costa Rica, de las cuales se amplificaron y secuenciaron los marcadores matK y rpoC1 del genoma del plastidio y el espaciador intergénico trnH-­psbA. Se realizaron análisis bioinformáticos con el propósito de determinar la utilidad de estos marcadores como posibles códigos de barra para discriminar entre especies y en la reconstrucción filogenética. De los marcadores seleccionados, el espaciador trnH-­psbA fue el más variable en términos de distancia genética y la región más prometedora como código de barras. Sin embargo, presenta limitaciones en la construcción de filogenias debido a la complejidad del alineamiento. El locus matK fue menos variable, pero más útil en la discriminación de especies y en la generación de árboles filogenéticos. La región rpoC1 fue altamente conservada y útil para estudios filogenéticos, pero de utilidad limitada para ser empleada como código de barras. La combinación de los marcadores matK y rpoC1 provee la mejor resolución para establecer relaciones filogenéticas dentro de las familias de plantas analizadas. En conclusión, se requiere más de un marcador molecular para aplicaciones de código de barras y para proveer información complementaria variable para la discriminación de especies inter-específicas.