Determinación de la efectividad de cinco protocolos de extracción de ADN a partir de material parafinado para estudios moleculares

Resumen

El estudio evaluó cuatro distintos protocolos de uso común en laboratorio y uno comercial, para la extracción de ADN a partir de material fijado en formalina y parafinado, correspondiente a cervix uterinos producto de conizaciones y LEEPs (loop electrocautery excision procedure), provenientes de los Servicios de Patología de nueve Hospitales de la Caja Costarricense de Seguro Social (CCSS). Se encontró que el protocolo más efectivo para obtener ADN viable para la PCR, es el basado en extracción fenólica y que la calidad del ADN se ve profundamente afectada por el proceso de preservación al que se ven sometidos los tejidos en los diferentes servicios. El promedio general de amplificación estuvo por debajo del 50%. El rango de amplificación por servicio va desde el 0%, hasta el 70%. Las razones por las que la PCR a partir de ADN aislado de parafinadas resulta inconsistente, se pueden resumir, a grosso modo, en: baja cantidad o ausencia de ADN blanco detectable, presencia de inhibidores, degradación del ADN total blanco y fragmentación de los ácidos nucleicos debido a la fijación en formalina.