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Diversidad y estructura genética de “accesiones” de Spondias tuberosa (Anacardiaceae) basadas en loci de microsatélites
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umbu tree
AMOVA
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árbol de Umbú
AMOVA
SSR

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Santos, V. N. dos, Fernandes Santos, C. A., Ribeiro de Oliveira, V., Da Silva Costa, A. E., & Santos da Silva, F. F. (2021). Diversidad y estructura genética de “accesiones” de Spondias tuberosa (Anacardiaceae) basadas en loci de microsatélites. Revista De Biología Tropical, 69(2), 640–648. https://doi.org/10.15517/rbt.v69i2.44194

Resumen

Introducción: Spondias tuberosa es un árbol endémico de la región semiárida de Brasil con potencial frutícola. Objetivo: Estimar la diversidad y caracterizar la estructura genética de accesiones de S. tuberosa en cuatro áreas del semiárido brasileño, para así facilitar estudios de conservación de recursos genéticos de esta especie. Metodología: El ADN fue extraído utilizando el método CTAB 2x a partir de muestras de hojas de 24 accesiones de S. tuberosa disponibles en el banco de germoplasma de Embrapa Semiárido, Brasil. Diez loci de microsatélites fueron usados en este estudio. Resultados: El dendrograma UPGMA generado con una matriz de similitud de coeficientes de Jaccard, formó cuatro grupos con punto de corte en 0.44. El coeficiente de similitud osciló entre 0.30 y 0.84, indicando una gran divergencia entre las accesiones. El análisis Bayesiano realizado en el software Structure sugiere la existencia de dos subpoblaciones, una formada por las accesiones de la región de Januária y otra derivada de las regiones de Juazeiro, Uauá y Petrolina. El valor de ΦST de 0.12 derivado del análisis molecular de la varianza indica moderada variación genética entre las cuatro poblaciones, sugiriendo que la variabilidad genética se estructura moderadamente en función de la región. Conclusiones: Los análisis en conjunto indican que la diversidad genética de S. tuberosa no se encuentra distribuida uniformemente en las regiones estudiadas. Por lo tanto, se debe recolectar germoplasma de un mayor número de poblaciones para aumentar la diversidad genética del banco actual de la especie.

 

 

https://doi.org/10.15517/rbt.v69i2.44194
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Citas

Aguilar-Barajas, E., Sork, V.L., González-Zamora, A., Rocha-Ramírez, V., Arroyo-Rodríguez, V., & Oyama, K. (2014). Isolation and characterization of polymorphic microsatellite loci in Spondias radlkoferi (Anacardiaceae). Applications in Plant Sciences, 2(11), 1400079.

Balbino, E., Caetano, B., & Almeida, C. (2018). Phylogeographic structure of Spondias tuberosa Arruda Câmara (Anacardiaceae): seasonally dry tropical forest as a large and continuous refuge. Tree Genet Genomes, 14(5), 1-8.

Balbino, E., Martins, G., Morais, S., & Almeida, C. (2019). Genome survey and development of 18 microsatellite markers to assess genetic diversity in Spondias tuberosa Arruda Câmara (Anacardiaceae) and cross-amplification in congeneric species. Molecular Biology Reports, 46(3), 3511-3517.

Botstein, D., White, R.L., Skolnick, M., & Davis, R.W. (1980). Construction of a genetic linkage map in man using restriction fragment length polymorphisms. American Journal of Human Genetics, 32(3), 314-331.

Costa, S.R., & Santos, C.A.F. (2013). Allelic database and divergence among Psidium accessions by using microsatellite markers. Genetics and Molecular Research, 12(4), 6802-6812.

Costa, S.R., & Santos, C.A.F. (2017). Genetic divergence among Psidium accessions based on single nucleotide polymorphisms developed for Eucalyptus. Genetics and Molecular Research, 16(2), gmr16029566.

Creste, S., Neto, A.T., & Figueira, A. (2001). Detection of single sequence repeat polymorphisms in denaturing polyacrylamide sequencing gels by silver staining. Plant Molecular Biology Reporter, 19(4), 299-306.

Cristóbal-Pérez, E.J., Fuchs, E.J., Harvey, N., & Quesada, M. (2019). Isolation and characterization of microsatellites loci in Spondias purpurea (Anacardiaceae) and cross amplification in congeneric species. Molecular Biology Reports, 46(5), 5581-5585.

Doyle, J.J., & Doyle, J.L. (1990). Isolation of plant DNA from fresh tissue. Focus, 12(13), 39-40.

Earl, D.A., & vonHoldt, B.M. (2012). STRUCTURE HARVESTER: A website and program for visualizing STRUCTURE output and implementing the Evanno method. Conservation Genetics Resources, 4(2), 359-361.

Evanno, G., Regnaut, S., & Goudet, J. (2005). Detecting the number of clusters of individuals using the software STRUCTURE: A simulation study. Molecular Ecology, 14(8), 2611-2620.

Excoffier, L., Smouse, P.E., & Quattro, J.M. (1992). Analysis of molecular variance inferred from metric distances among DNA haplotypes: Application to human mitochondrial DNA restriction data. Genetics, 131(2), 479-491.

Meirmans, P.G., & Hedrick, P.W. (2011). Assessing population structure: FST and related measures. Molecular Ecology Resources, 11(1), 5-18.

Paiva, J.R. (1998). Melhoramento genético de espécies agroindustriais na Amazônia: estratégias e novas abordagens. Fortaleza, CE: Embrapa-CNPAT.

Peakall, R.O.D., & Smouse, P.E. (2006). GENALEX 6: genetic analysis in Excel. Population genetic software for teaching and research. Molecular Ecology Notes, 6(1), 288-295.

Pires, M.D.G.D.M. (1990). Estudo taxonômico e área de ocorrência de Spondias tuberosa Arr. Cam. (umbuzeiro) no Estado de Pernambuco-Brasil (Dissertação de Mestrado). Universidade Federal Rural de Pernambuco, Recife, PE, Brasil.

Pritchard, J.K., Stephens, M., & Donnelly, P. (2000). Inference of population structure using multilocus genotype data. Genetics, 155(2), 945-959.

Ramos, S., Queiroz, M.D., Romão, R.L., & Silva Júnior, J.D. (2008). Germoplasma vegetal conservado no nordeste brasileiro: situação atual, prioridades e perspectivas. Magistra, Cruz das Almas, 20(3), 205-319.

Rohlf, F.J. (2000). NTSYS-pc numerical taxonomy and multivariate analysis system (Version 2.10). Setauket: Exeter Software.

Santana, I.B.B., Oliveira, E.J.D., Soares Filho, W.D.S., Ritzinger, R., Amorim, E.P., Costa, M.A.P.D.C., & Moreira, R.F.C. (2011). Variabilidade genética entre acessos de umbu-cajazeira mediante análise de marcadores ISSR. Revista Brasileira de Fruticultura, 3(3), 868-876.

Santos, C.A.F. (1997). Dispersão da variabilidade fenotípica do umbuzeiro no semi-árido brasileiro. Pesquisa Agropecuária Brasileira, 32(9), 923-930.

Santos, C.A.F., Rodrigues, M.A., & Zucchi, M.I. (2008). Variabilidade genética do umbuzeiro no Semi-Árido brasileiro, por meio de marcadores AFLP. Pesquisa Agropecuária Brasileira, 43(8), 1037-1043.

Silva, B.M., Rossi, A.A.B., Tiago, A.V., Schmitt, K.F.M., Dardengo, J.F.E., & Souza, S.A.M. (2017). Genetic diversity of Cajazeira (Spondias mombin L.) in three geographic regions. Genetics and Molecular Research, 16(1), gmr16018946.

Silva, E.F.D., Martins, L.S.S., & Oliveira, V.R.D. (2009). Diversity and genetic structure in caja tree (Spondias mombin L.) populations in Northeastern Brazil. Revista Brasileira de Fruticultura, 31(1), 171-181.

Silva, S.M., & Alves, R.E. (2008). Desenvolvimento e fisiologia da maturação de frutos do gênero Spondias. In I.E. Lederman, J.S.D. Lira Júnior, & J.F.D. Silva Júnior (Eds.), Spondias no Brasil: umbú, cajá e espécies afins (pp. 23-33). Recife, Brasil: Empresa Pernambucana de Pesquisa Agropecuária, IPA/UFRPE.

Turchetto-Zolet, A.C., Turchetto, C., Zanella, C.M., & Passaia, G. (2017). Marcadores Moleculares na Era Genômica: Metodologias e Aplicações. Ribeirão Preto, São Paulo: Sociedade Brasileira de Genética.

Wright, S. (1949). Genetical structure of populations. Annals of Eugenics, 15(1), 323-354.

Wright, S. (1965). The interpretation of population structure by F-statistics with special regard to systems of mating. Evolution, 19(3), 395-420.

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