El descubrimiento de los secretos de la biología molecular ha marcado un punto de inflexión en las ciencias biológicas. La genómica es parte fundamental de este auge y se define básicamente como el estudio de la composición, estructura y función del material genético de los organismos vivos. El presente es un artículo de revisión sobre genómica de agentes infecciosos, el cual toca aspectos como la historia y los avances en el tema, para luego entrar en materia sobre ejemplos del conocimiento actual de los genomas de los más importantes agentes de interés en salud pública, así como las aplicaciones de los mismos para el mejoramiento de la salud humana. Al final, se ofrece una perspectiva para el futuro de la genómica y conclusiones sobre su aplicación en el ámbito nacional.