Análisis de la diversidad genética de genotipos de soya de Indonesia basado en características morfológicas y marcadores SSR

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DOI:

https://doi.org/10.15517/6xn1r608

Palabras clave:

antecedentes genéticos, distancia genética, marcadores genéticos, caracteres morfológicos

Resumen

Introducción. La soya es un cultivo importante debido a su alto contenido de proteína y aceite. Las variedades de semilla amarilla son preferidas para la elaboración de productos alimenticios. El análisis de la diversidad genética es un paso importante en la selección de parentales para programas de mejoramiento genético. Objetivo. Analizar la diversidad genética de genotipos de soya de Indonesia basándose en características morfológicas y marcadores SSR. Materiales y métodos. La evaluación en campo se realizó en Bogor, Indonesia, de marzo a junio de 2023. Los datos morfológicos se analizaron mediante análisis de componentes principales (PCA) y análisis de coordenadas principales (PCoA). Posteriormente, los genotipos se analizaron utilizando 14 marcadores SSR. Resultados. El análisis de componentes principales (PCA) reveló que PC1–PC4 explicaron el 72.63 % de la variación genética total. El análisis de marcadores SSR mostró características sobresalientes, como un alto número de alelos y valores elevados de PIC. Los genotipos se agruparon en dos clústeres con una clara distinción de diversidad. Cuatro pares de genotipos mostraron alta diversidad genética y tienen potencial como candidatos parentales con rasgos morfológicos favorables relacionados con el rendimiento y sus componentes para su uso en programas de mejoramiento genético. Conclusión. Las caracterizaciones morfológicas y mediante marcadores SSR diferencian claramente los genotipos de soya de Indonesia y permiten identificar pares de genotipos con alta diversidad genética, los cuales son útiles como candidatos parentales en programas de mejoramiento. Ambos análisis de datos se complementan bien entre sí para obtener una mejor comprensión de la diversidad.

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Referencias

Abadi, F. R., Masithoh, R. E., Sutiarso, L., & Rahayoe, S. (2022). Effect of size reduction on yellow soybean seed characterization based on colorimetry. IOP Conference Series: Earth and Environmental Science, 1116(1), Article 012063. https://doi.org/10.1088/1755-1315/1116/1/012063 DOI: https://doi.org/10.1088/1755-1315/1116/1/012063

Asadi, Dewi, N., Nugroho, K., Terryana, R. T., Mastur, & Lestari, P. (2020). Evaluation of SSR and important agronomical characters of promising mutant lines of soybean. Biodiversitas, 21(1), 299-310. https://doi.org/10.13057/biodiv/d210137 DOI: https://doi.org/10.13057/biodiv/d210137

Babu, B. K., Sood, S., Kumar, D., Joshi, A., Pattanayak, A., Kant, L., & Upadhyaya, H. D. (2018). Cross genera transferability of rice and finger millet genomic SSRs to barnyard millet (Echinochloa spp.). 3 Biotech, 8(2), 95–114. https://doi.org/10.1007/s13205-018-1118-1 DOI: https://doi.org/10.1007/s13205-018-1118-1

Cregan, P. B., Jarvik, T., Bush, A. L., Shoemaker, R. C., Lark, K. G., Kahler, A. L., Kaya, N., VanToai, T. T., Lohnes, D. G., Chung, J., & Specht, J. E. (1999). An integrated genetic linkage map of the soybean genome. Crop Science, 39(5), 1464–1490. https://doi.org/10.2135/cropsci1999.3951464x DOI: https://doi.org/10.2135/cropsci1999.3951464x

Doyle, J. J., & Doyle, J. L. (1990). Isolation of plant DNA from fresh tissue. Focus, 12, 13-15. DOI: https://doi.org/10.2307/2419362

Dyah, R. P., Wibisono, K., Terryana, R. T., Nugroho, K., Utari, R., Suparjo, S., Umar, Lestari, P., & Tasma, I. M. (2024). Diversity Analysis of 53 Soybean Accessions Introduced from China Based on Morphological Characteristics and SSR Markers. Current Applied Science and Technology, 24(3), Article e0259116. https://doi.org/10.55003/cast.2024.259116 DOI: https://doi.org/10.55003/cast.2024.259116

Fattah, A., Idaryani, Herniwati, Yasin, M., Suriani, S., Salim, Nappu, M. B., Sahardi, M., Hannan, M. F. I., Wulanningtyas, H. S., Saenong, S., Dewayani, W., Suriany, Winanda E., Manwan, S. W., Asaad, M., Warda, Nurjanani, Nurhafsah, … Ella, A. (2024). Performance and morphology of several soybean varieties and responses to pests and diseases in South Sulawesi. Heliyon, 10(5), Article e25507. https://doi.org/10.1016/j.heliyon.2024.e25507 DOI: https://doi.org/10.1016/j.heliyon.2024.e25507

Gebregziabher, B. S., Zhang, S. R., Azam, M., Qi, J., Agyenim-Boateng, K. G., Feng, Y., Liu, Y., Li, J., Li, B., & Sun, J. (2023). Natural variations and geographical distributions of seed carotenoids and chlorophylls in 1 167 Chinese soybean accessions. Journal of Integrative Agriculture, 22(9), 2632-2647. https://doi.org/10.1016/j.jia.2022.10.011 DOI: https://doi.org/10.1016/j.jia.2022.10.011

Greenacre, M., Groenen, P. J. F., Hastie, T., Iodice d’Enza, A., Markos, A., & Tuzhilina, E. (2022). Principal component analysis. Nature Reviews Methods Primers, 2(1), Article 100. https://doi.org/10.1038/s43586-022-00184-w DOI: https://doi.org/10.1038/s43586-022-00184-w

Guler, B. A., & Imamoglu, E. (2023). Molecular marker technologies in food plant genetic diversity studies: an overview. Foods and Raw Materials, 11(2), 282-292. https://doi.org/10.21603/2308-4057-2023-2-575 DOI: https://doi.org/10.21603/2308-4057-2023-2-575

Kumar, S., & Pandey, G. (2020). Biofortification of pulses and legumes to enhance nutrition. Heliyon, 6(3), Article e03682. https://doi.org/10.1016/j.heliyon.2020.e03682 DOI: https://doi.org/10.1016/j.heliyon.2020.e03682

Kumawat, G., Singh, G., Gireesh, C., Shivakumar, M., Arya, M., Agarwal, D. K., & Husain, S. M. (2015). Molecular characterization and genetic diversity analysis of soybean (Glycine max (L.) Merr.) germplasm accessions in India. Physiology and Molecular Biology of Plants, 21, 101-107. https://doi.org/10.1007/s12298-014-0266-y DOI: https://doi.org/10.1007/s12298-014-0266-y

Lazer, I. J., & Horvath-Lazar, E. (2010). GelAnalyzer 2010a. [Software]. GelAnalyzer. http://www.gelanalyzer.com/index.html

Li, Y., & Qi, B. (2022). Phytochemicals in soybeans: Bioactivity and health benefits. CRC Press. https://doi.org/10.1201/9781003030294 DOI: https://doi.org/10.1201/9781003030294

Liu, K., & Muse, S. V. (2005). PowerMarker: Integrated analysis environment for genetic marker data. Bioinformatics, 21, 2128-2129. http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/bti282 DOI: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti282

Malek, M. A., Rafii, M. Y., Afroz, S. S. M., Nath, U. K., & Mondal, M. M. A. (2014). Morphological characterization and assessment of genetic variability, character association, and divergence in soybean mutants. The Scientific World Journal, 2014(1), Article 968796. https://doi.org/10.1155/2014/968796 DOI: https://doi.org/10.1155/2014/968796

Meena, V. K., Shekhawat, H. V. S., Chand, S., Choudhary, K., Sharma, J. K., & Lekha, L. (2023). Advances in molecular marker technology and their significance in plant improvement strategies. In M. A. El-Esawi (Ed.), Recent trends in plant breeding and genetic improvement (pp. 1–29). IntechOpen. http://dx.doi.org/10.5772/intechopen.1002773 DOI: https://doi.org/10.5772/intechopen.1002773

Nugroho, K., Kosmiatin, M., Husni, A., Tasma, I. M., & Lestari, P. (2020). Identification of soybean (Glycine max [L.] Merr.) mutants and improved varieties having diverse drought tolerance character using SSR marker. IOP Conference Series: Earth and Environmental Science, 482, Article 012014. https://doi.org/10.1088/1755-1315/482/1/012014 DOI: https://doi.org/10.1088/1755-1315/482/1/012014

Nugroho, K., Terryana, R. T., Manzila, I., Priyatno, T. P., & Lestari, P. (2019). The use of molecular markers to analyze the genetic diversity of Indonesian pepper (Capsicum spp.) varieties based on anthracnose resistance. Makara Journal of Science, 23(3), 137-147. https://doi.org/10.7454/mss.v23i3.11261 DOI: https://doi.org/10.7454/mss.v23i3.11261

Nurdianawati, S., Wicaksana, N., & Anas, A. (2016). Analisis Kesesuaian marka SSR (Simple Sequence Repeats) untuk identifikasi keragaman genetik pada kacang bambara asal Jawa Barat. Agrikultura, 27(2), 120-123. DOI: https://doi.org/10.24198/agrikultura.v27i2.10528

Pasaribu, A., Putri L. A. P., & Suryanto. (2017). First analysis of molecular varians in palm oil (Elaeis guineensis Jacq.) used five primer of SSR (Simple Sequences Repeats). Jurnal Online Pertanian Tropik, 4(1), 47-56. DOI: https://doi.org/10.32734/jpt.v4i1.3069

Rani, R., Raza, G., Tung, M. H., Rizwan, M., Ashfaq, H., Shimelis, H., Razzaq, M. K. & Arif, M. (2023). Genetic diversity and population structure analysis in cultivated soybean (Glycine max [L.] Merr.) using SSR and EST-SSR markers. PLoS One, 18(5), Article e0286099. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0286099 DOI: https://doi.org/10.1371/journal.pone.0286099

Rohlf, F. J. (2000). NTSYS-pc: numerical taxonomy and multivariate analysis system (Version 2.2). Applied Biostatistics Inc.

Shrestha, P., Pandey, M. P., Dhakal, K. H., Ghimire, S. K., Thapa, S. B., & Kandel, B. P. (2023). Morphological characterization and evaluation of soybean genotypes under rainfed ecosystem of Nepal. Journal of Agriculture and Food Research, 11, Article 100526. https://doi.org/10.1016/j.jafr.2023.100526 DOI: https://doi.org/10.1016/j.jafr.2023.100526

Singh, P. K., Shrestha, J., & Kushwaha, U. K. S. (2020). Multivariate analysis of soybean genotypes. Journal of Agriculture and Natural Resources, 3(1), 69-76. https://doi.org/10.3126/janr.v3i1.27092 DOI: https://doi.org/10.3126/janr.v3i1.27092

Tasma, I. M., Dyah, R. P., Terryana, R. T., Satyawan, D., Nugroho, K., & Asadi, A. (2024). DNA fingerprinting analysis of edamame advanced lines based on SSR markers. AIP Conference Proceedings, 2957(1), Article 080005. https://doi.org/10.1063/5.0184004 DOI: https://doi.org/10.1063/5.0184004

Tasma, I. M., Lorenzen, L. L., Green, D. E., & Shoemaker, R. C. (2001). Mapping genetic loci for flowering time, maturity, and photoperiod insensitivity in soybean. Molecular Breeding, 8, 25–35. https://doi.org/10.1023/A:1011998116037 DOI: https://doi.org/10.1023/A:1011998116037

Tasma, I. M., & Shoemaker, R. C. (2003). Mapping flowering time gene homologs in soybean and their association with maturity (E) loci. Crop Science, 43(1), 319–328. https://doi.org/10.2135/cropsci2003.3190 DOI: https://doi.org/10.2135/cropsci2003.3190

Tasma, I. M., Yani, N. M. G., Purwaningdyah, R., Satyawan, D., Nugroho, K., Lestari, P., Trijatmiko, K. R., & Mastur, M. (2018). Genetic diversity analysis and F2 population development for breeding of long juvenile trait in soybean. Jurnal AgroBiogen, 14(1), 11-22. DOI: https://doi.org/10.21082/jbio.v14n1.2018.p11-22

Terryana, R. T., Nugroho, K., Rijzaani, H., & Lestari, P. (2018). Karakterisasi keragaman genetik 27 genotipe cabai berdasarkan marka SSR (Simple Sequence Repeat). Berita Biologi, 17(2), 183-194. DOI: https://doi.org/10.14203/beritabiologi.v17i2.3313

Union for the Protection of New Varieties of Plants (UPOV). (1998). Guidelines for the conduct of tests for distinctness, homogeneity and stability (Soybean).

United States Department of Agriculture. (2006). Mapped soybean SSR loci. https://sgil.ba.ars.usda.gov/cregan/soymap3.mht

Upadhyay, P., Shrivastava, M. K., Amrate, P. K., Sharma, S., Thakur, S., & Anand, K. J. (2022). Assessing genetic diversity of exotic lines of soybean based on D2 and principal component analysis. The Pharma Innovation Journal, 11(5), 89–93.

Wibisono, K., Dyah, R. P., Utari, R., Rijzaani, H., Hakim, L., Suhendar, A., Purwanto, O. D., Satyawan, D., Lestari, P. & Tasma, I. M. (2025). Genetic Diversity and DNA Barcoding Construction of Tropical Soybean Advanced Lines Based on SSR Markers. Indonesian Journal of Agricultural Sciences, 30(2), 293−304. https://doi.org/10.18343/jipi.30.2.293 DOI: https://doi.org/10.18343/jipi.30.2.293

Zatybekov, A., Yermagambetova, M., Genievskaya, Y., Didorenko, S., & Abugalieva, S. (2023). Genetic diversity analysis of soybean collection using simple sequence repeat markers. Plants, 12(19), Article 3445. https://doi.org/10.3390/plants12193445 DOI: https://doi.org/10.3390/plants12193445

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05-06-2026

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Sección

Artículos

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Cómo citar

Tasma, I. M., Dyah, R. P., Wibisono, K., Rijzaani, H., & Suhendar, M. A. (2026). Análisis de la diversidad genética de genotipos de soya de Indonesia basado en características morfológicas y marcadores SSR. Agronomía Mesoamericana, 6xn1r608. https://doi.org/10.15517/6xn1r608

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